Ninjanın İntikamı filmi dünyanın en ölümcül katillerinden olan Raizo’yu konu ediniyor. Raizo çocukken bir örgüt tarafından kaçırılmış ve geleceğin ölüm makinesi olarak tasarlanmıştır. Arkadaşının örgüt tarafından öldürülmesini öğrenen ve bunu bir türlü unutamayan Raizo örgütten kaçar ve ortadan kaybolur