New York'ta garip olaylar yasanmaktadir. Hizla oradan oraya sicrayan golgeler, ortaya cikan garip yildiz haritalari ve sehre saldirilar duzenleyen yaratiklar herkese korku salmistir. Acaba zengin endustri imparatoru Max Winters'in bu islerde parmagi var midir?
Son maceralarinda dusmanlari Shredder'i oldurdukten sonra birbirlerinden kopan NINJA KAPLUMBAGALAR, hayatlarini kazanmak icin ayri ayri yollara sapmislardi.
Leonardo, ustalari Splinter'in istegi uzerine bir dunya turuna cikmis, ancak bilinmeyen bir yerde inzivaya cekilerek geri donmemistir. Raphael gece oldugunda adi suclularin pesine dusen basina buyruk, maskeli bir kahramana donusmustur. Michaelangelo partilerde cocuklari eglendirmeye baslamis, Donatello ise bir teknik destek hattinda calismaya baslamistir.
Tum bunlar olurken, usta Shredder New York'ta garip olaylarin basgosterdigini fark eder. Bir teknoloji sirketinin sahibi olan zengin is adami Max Winters, antik caglardan kalmis bir orduyu tekrar hayata gecirip tum dunyayi ele gecirmeyi hedeflemektedir. Ustelik, kaybettigi ustasi Shredder'in izinden giden Karai ve Foot Klan'in da destegini yanina almistir.
NINJA KAPLUMBAGALAR; tekrar bir araya gelip kotulere karsi tek yumruk halinde savasabilmesi icin, eski dostlari April ve Casey Jones'un da destegine basvuracaktir.